实验室主管单位是甘肃省科技厅，依托单位是河西学院，监管机构是河西学院科技处，学术研究监管和指导机构是重点实验室学术委员会。重点实验室在依托单位河西学院内为处级建制机构，与学校二级学院平级，实验室的组织管理机构健全。

实验室学术委员会为实验室的发展起导航和监督的作用。学术委员会每年至少召开一次会议，通过会议、网评等多种形式，实验室学术委员会与实验室主任共同参与实验室发展规划、研究方向、规章制度的制订，研究课题的评审，结题项目的验收等。

实验室实行主任负责制，实验室主任平时通过实验室下设的办公室对实验室进行日常管理，以实验室室务会等形式，广泛征求各研究组的意见，拟订各种有利实验室发展和管理的规章制度。